1870年8月29日，江宁府城(今南京老城区)发生了一桩惊天大案：两江总督马新贻在小营校场阅操完毕后，返回总督行辕时遇刺身亡。
一时间，朝野震惊，一周之内，清廷连续派出几批要员前往江宁查处，慈禧太后还把直隶总督曾国藩从天津调往江宁，行前又亲自召见，指示“务得确情，尽法惩办”。“尽法惩办”可以说是做到了，凶手张汶祥于次年4月4日被凌迟处死。但“确情”如何?对此，正史、野史及一些笔记都存在着不同说法。至今扑朔迷离，成了清末四大奇案之一。
总督突然遇刺
1870年8月29日，清两江总督马新贻亲临江宁小营校场巡查清军骑射后，在亲兵护卫簇拥下打道回府时，突然路旁人群中闪出一个清兵模样的人，马新贻还未及询问，那人已至身前，左手抓住马的衣领，右手举起匕首插入马的心窝，只听马新贻一声惨叫：“抓刺客!”往后倒下(次日身亡)，惊魂始定的护卫很快将刺客围住，但此人并不挪步，反而哈哈大笑：“我死而无憾了。”即束手被擒。
马新贻(1821-1870)，山东菏泽人，曾经参与平定太平军，历任安徽按察使、布政使，浙江巡抚。1868年调任两江总督兼南洋通商大臣，上任不到两年便遇刺身亡。清廷对此十分惊慌，立即令漕运总督张之万前往江宁查办，并令曾国藩任两江总督，随后又派兵部尚书郑敦谨为钦差大臣，会同曾国藩审讯此案。
审讯中，张汶祥始终不招供，只说刺死马新贻，可以泄愤，大事已了。曾、郑二人见此情况，则令施以酷刑，无奈张汶祥仍不招供，最终一无所获。次年，张汶祥在江宁小营被凌迟处死。对于这桩惊天大案，清廷的官方记载几乎都是一个调子，正如张之万在上奏中所写：“凶犯张汶祥曾从发逆(指太平军)，复通海盗。”是为了复仇才行刺马新贻的。曾国藩和郑敦谨的结论也与上述无异。
薛福成当时正在江宁府城，他的《庸庵笔记》中的“张汶祥之狱”一文内容和其奏章，也与上述基本相同。然而，马新贻之弟在马死后所编写的《马端敏公年谱》中，对其兄之死却表示了疑问：“终觉疑案之未明。”而一些野史也透露了与官方记载相差甚远的说法。
野史之一说：渔色负友
据清末著名地理学家张相文的《南园丛稿》、金天羽的《天放楼续文言》及《清朝野史大观》中所叙，张汶祥早年参加过捻军，“与其友曹二虎、石锦标同为捻军渠魁”。有一次，他们和清朝的庐州团练马新贻作战，将马新贻俘获，后三人私放马新贻，并随其投靠清廷。不久，曹二虎之妻来投奔曹，“马窥之美，诱之来署，迫而私之”，也就是说，马新贻引诱并霸占了曹二虎的妻子。
张汶祥得知此事，告诉了曹二虎，劝他弃妻远走，否则恐遭大祸，但曹二虎迟迟未行。不久，马新贻找个借口，处死了曹二虎。张汶祥悲痛万分，决心为曹报仇，终于如愿以偿。被捕后受审时，张汶祥将事情全盘托出，但面对如此丑闻，官方考虑到朝廷体面，不敢直叙。张相文说他的资料来自江宁府的一位“胡翁”，此人原是江宁府上元县(今南京东北部市区)一名小吏、审讯张汶祥时的记录人。
陈可辛导演的电影《投名状》取材于“刺马”，也采用这种说法。
野史之二说：“押店”被封
《清稗类钞·狱讼》以及时人李孟符的《春冰室野乘》则说，张汶祥为友报仇，主要是另有原因：张汶祥原是太平天国政权侍王李世贤的一员裨将，清朝湘军收复江宁府城后，他投在马新贻帐下。
一日，张汶祥去杭州拜访一位在马新贻帐下任事的徐姓挚友。徐告诉张汶祥，徐曾在府中发现新疆某地方武装首领寄来的书信，信中称该首领即将领兵反清，请马新贻里应外合。张汶祥听说后非常生气，当即表示：“此等逆臣，吾必手刃之以泄愤。”不久，马新贻又出示禁止私开押店(典当行的一种形式)，将张汶祥押店强行封门，于是，张汶祥更加坚定了杀马新贻的志向。李孟符还说，这个说法是亲睹其事的江宁府署理知府提供的，仿佛也很有根据。
触犯了湘军势力利益?
案发后江宁府民间流传一种说法：“马之被刺，实基于湘军中帮会分子之嚣张使然。”
曾国藩的湘军为清朝廷立下了汗马功劳，当初湘军收复江宁府城后曾大抢大掠许多天，清廷朝野对此不满。
虽然湘军各人都发了横财，还被加官晋爵，但有一些人只捞个有名无实的官衔，几乎成了闲散人员，他们落脚在江宁府城内外，每天东游西荡，吃喝嫖赌，几年一过，逐渐捉襟见肘，许多人半明半暗地干起了打家劫舍的勾当，闹得城乡不安。
地方官见他们来头大，不敢管束，而且一旦追捕风声大了，他们还有个藏身去处——长江水师巡防营，其统领黄翼升是曾国藩亲信。不料马新贻上任后，放了“三把火”，对于犯案的湘军照抓不误，审出罪状后即押往刑场斩首。湘军强徒们混不下去了，纷纷到黄翼升那里去诉苦。黄非常恼火，终以重金买通张汶祥，将马新贻这个对头干掉了。
颜士璋的《南行日记》中曾说：“刺马案与湘军有关”“有大人物主使”“湘军不得不杀他”。即是说马新贻触犯了湘军势力的利益，招来杀身之祸。
新说：卷入江南教案中被谋杀
近些年来，又有人提出了马新贻是因为对天主教持“弛禁”主张，卷入了江南天主教与江南吏民深深的矛盾冲突中，而被谋杀的。
当时安徽省、江苏省反洋教势头汹涌，连许多信教的中国人也受到迫害，地方官对此多持纵容，而马新贻则不赞同，这点恰与朝廷重臣李鸿章态度相反，接下来安徽、江苏一些传教士的家被洗劫，许多中国教民被杀，法国政府派了几艘战舰沿长江西进，云集江宁府城下关江面，要求清廷依法惩办中国教民被杀案祸首，以命抵命。马新贻眼见事态严重，则答应了对方要求，在江南各县张贴告示，盛赞教会的纯正，严斥闹事者。马新贻的妥协，激起更多人的愤怒。
为此外国神甫们控告到两江总督衙门，当时新上任的江宁知府冯柏年是个与马新贻持相同立场的官员，他受马新贻派遣去视察、检查天主教堂，结果证明教堂内绝无民间传闻中的死婴。马新贻立即张贴告示，说明教士无罪，严禁再散布谣言，并派兵保护教堂和神甫住地。
江宁风波平息了，反洋教运动的头面人物陈国瑞逃到扬州，继而去了苏州、山东、天津、上海，很快中国教民被杀惨案也波及到了这些地区。
各地“排教”官员们也都不闻不问，唯独江宁府例外，马新贻上奏朝廷：我在江宁府能做的为什么别处不能做?为什么不惩办这些肇事者?
马新贻没想到此时一场阴谋已向他袭来。8月29日他在公开场合被刺杀，几天后江宁府知府冯柏年在衙门里悬梁自尽。
以上种种“刺马”传说，足以反映此案疑点很多。总之，传闻之多主要是因为张汶祥“拒不招供”、清廷有意掩饰、会审大员故意含糊，才使这一大案蒙上了神秘的面纱，以致成了清末一大悬案。
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